そのrequire_onceは、実際に叩いたスクリプトに書いてあるの？

index.phpを叩いたら、index.phpの置いてある場所からの相対を引くよ。
つまりindex.phpから、別の「nantoka.php」をrequireして、そのnantoka.phpのなかで
requireしたファイルは、nantoka.phpからの相対ではなくてindex.phpからの相対だよ。