>807さん
>808さん
>809さん

教えて頂いてありがとうございます。
もしかしたらですが、自分はBootstrapの使い方自体を間違えているのでしょうか？

期待しているのは各モジュールのBootstrapに_initLayoutというメソッドを追加し、
そこでモジュール毎のlayoutファイルを変更したいと考えています。

こういう使い方、そもそもBootstrapにて記載しないほうが良いのでしょうか？

_initAutoload()のような感じでモジュール毎のクラスを自動読み込みするような
処理のみをBootstrapには記載したほうが良いのですかね？