>>826
アップロードディレクトリでスクリプト実行できないようにしなよ
今のセキュリティホール全開な仕様が異常だと認識したほうがいい

>侵入された可能性はありますか？
スクリプト実行と侵入は違う気がするが
suexecが有効ならサーバ内のファイル構成を見られたりファイル消されたりする可能性はある

とにかくPHP周りを強化するよりサーバ周りの設定を強化したほうがいい