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まったく同一のページを2ウィンドウ開くのならば、URLかPOST値にセッション情報を含めないとダメだな。
手を抜くならセッションキーGET渡しで
・Smarty使ってるならポストフィルタで全サイト内リンクにセッションキーを追加する
・JavaScript経由で全リンクをセッションキー付きに書き換える
辺りか。

リンクを書き換えないなら、複数ウィンドウシステムに入った時点で
index.php/hogehoge/
index.php/fugafuga/
のような固有URLを割り振り、これをセッションキーにするのも手。
index.php/hogehoge/menu から <a href="./information">で
index.php/hogehoge/information に遷移させられるから記述が多少楽になる。
ただし、セッション情報がリクエストヘッダでだだ漏れだし、外部リンクに気を払う必要も出てくる（REFERERで漏れる）。