いえ、実はまだ理解してないんですが…。
もしかして、コントローラで、

$this->set("body", '<body id="bodyContainer" onload="hoge();">');

して、view\layouts\default.ctp の中で、

<?php e($body); ?>

こうするって事？

もしそうなら、(わがままかもしれませんが)
そのレイアウトを使う全てで body を set しないといけなくなるので、
まるごと出力じゃなくて、場合によって
追記、もしくは置換できるといいんですけど…。

いくらなんでもそこまでは無理でしょうか。。。