関数はあくまで何かを返すだけにして、制御を握っているのは「メインのルーチン」ひとつにした方がいい。
あちこちの関数で好き勝手に処理を中断したり画面出力してたりすると、そのうち管理しきれなくなる。
同じ理由で、printするよりは文字列を返す（printは「メインのルーチン」で行なう）方がいいと思う。

俺ならreturn_json()はjsonを返すだけ（exitもprintもしない）にして
function generare_json(){
　if(isError1()){
　　return return_json(false,"エラー１です");
　}
　if(isError2()){
　　return return_json(false,"エラー２です");
　}
　return return_json(true,"成功です。");
}
とし、echo generate_json()を最後に呼び出す。
exit()はスクリプトの末尾のみ、出力はこの文のみになる。