解決しました。
馬鹿馬鹿しい話ですが tr('０−９', '0-9'); の「０−９」の真ん中のハイフンまで大文字になっていました・・・。
ここを直してSjisで出力したら、テストコード３でOKでした。

use Jcode;
my $txt = '２ちゃんねる';
my $from = jcode('０-９−')->euc;
my $to = jcode('0-9-')->euc;
my $txt = jcode($txt)->tr($from, $to)->sjis;


Jcodeを使ったのは、ググッて見つけた解説がほとんどJcode使用ばっかりだったからです。
Encodeを使った場合、trするのはどうすればいいんでしょうか。