あるPHPスクリプトをWebサーバーでうごかしたら所有者がapacheの削除できないディレクトリとファイルを
勝手に作られてしまいました。

ファイルを削除するPHPスクリプトを使って削除しましたが、
あるPHPスクリプトで作ったファイルの所有者がapacheになるってことは
同じサーバの別の人のPHPスクリプトが作ったファイルの所有権もapacheってことですよね？

ファイルを削除するPHPスクリプトを使って自分のファイルを削除しましたが、
パスを変えれば、他人のスクリプトも削除できるってことじゃないですか？