使ったことないから知らんけど
ぱっと見た感じ、6番目と7番目の引数に角度を表してそうな値があるから
imagefilledarc($image, 100, 100, 200, 200, 270, 90, $blue, IMG_ARC_PIE);
imagefilledarc($image, 100, 100, 200, 200, 90, 270, $green, IMG_ARC_PIE);
とか設定すればいいんじゃない