普通は設定ファイルはアプリケーション削除後残すことがおおいが
Apache、PHPがどうするかはシラネ
設定ファイルだけバックアップとって自分でやってみれよ
ていうかcygwinでやるぐらいならVM入れてlinuxでも入れとけって話ですね