ホダ塾のメリットって、

・モジュールがある程度ついてくる
・xoops_trust_pathの設定をインストーラがしてくれる
・独自のテーマがついてくる

ってことだから、XOOPS全然知らなくて、どんなモジュールあるのかも知らなくて、とりあえず手っ取り早く動かしたいって人ならメリットあると思う。
ただしpreloadとか細部をいじってるから、標準のXCLと挙動が違うってことも起こるわけでさ。
それが気になる人で、モジュールは全部自分で入手するからいらないや、っていうんならXCLからやった方がいいと思う。
実際、パッケージがFIXした時点からモジュールはどんどんアップデートされるわけであって、どちらにしろモジュールのメンテはしないといけないわけで。

それ以外のメリットってなんだろう。別に保守契約結べるわけでもないしね。