>>852です。
自分の質問でスレが荒れてしまったようで申し訳ないです。

URLからの受け渡しを避けたい理由はセキュリティ的な面と、
XHTML1.0TransitionalでURLから変数を渡そうとするとValidaterにぶーぶー文句言われるからです。
一応サニタイズはしていますが、ソースの美観の問題で工夫次第で避けられるなら避けたいなと。
JavaScript.phpに変数を渡して、それに応じてPHPで吐きだしたJavaScriptコードでDOMをいじらせたいんです。

>>862>>865
保守性の面で、JavaScriptはHTMLソースから完全に分離して管理したいこともあって、
js呼び出しに直書きJavaScriptを使うのはちょっと微妙です。

>>861
JavaScript経由無しでHTMLヘッダからPOSTって投げられるんでしょうか？

>>877
JavaScript.phpの内容はPHPで書き出しているんですが

>>887
セッションについては少し調べてみます。

>>895
HTMLコメントって外部JSから拾えるんでしょうか