別のサイトにあるJavaScriptとかだとうまくいかないらしいが
<script>
var val1="hoge"
var val2="hoge"
</script>
<script type="text/javascript" src="sample .js"></script>
</head>
で、sample.jsのJavaScriptからval1を使える。

インジェクションってSQLインジェクション？
JavaScript.phpがDBとか使って毎回違うJavaScriptを動的に生成しているの？
俺には分かりません。
セッションみたいなこととかかな？