基本的には、どちらも機能面では互角と思う。
決済モジュールに関しては、EC-CUBEの圧勝。（笑）

確かに、カスタマイズのし易さやテンプレの作り易さでは、ZENの圧勝。
それに、ZENには市販のテンプレも沢山あるから、背景のGIFとか取り替えるだけだしね。