まずその.htaccessの中身を貼り付けてみればいいんじゃないかと思った。
消して入れたんならまあ問題ないだろうし。

大体、ローカルWindowsのApacheならサーバの設定変も自由にできるだろうから、
基本的に.htaccessなんて必要ない。
EC-CUBEにくっついている.htaccessって、基本的にPHPの設定変更以外の事やってたっけ？