俺はPerl出身なんだけど、普通、ファイルオープンするだけでも
やっぱそこまでファイルの存在の確実性を意識しないとダメ？
if(($IN = @fopen($file,'r+')) < 0)
これじゃダメ？

あと、書き込みの時は、物理的ロック（自作ロック）して、
ファイルオープンしてflockってしてるんだけど、これでもやっぱ不十分？
物理的ロックってのはロック用ファイル作成する方法です。