ちょっと書いてみたがこんなかんじか？
もっといい書き方あるだろうけど

$array = array(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9);
$new_array = array();
$count = 0;
for ($i = 0; $i < count($array); $i++) {
  if ($i == 3) {
    $new_array[$i] = 0;
    $count++;
  }
  $new_array[$i + $count] = $array[$i];
}
print_r($new_array);

$arrayはfileで読み込んだ配列ってことで

$array[3]に0を挿入した新しい配列を作るプログラム
この部分を関数にして引数で渡せば外部ファイル使う必要がないかな