PHPの設定で
magic_quote_gpcというものがあって、
これがONであるとPOSTとかGETの中身は渡された先で勝手にクオートされます。

面倒なのは、同じスクリプトでもサーバーのPHPの設定によって
挙動が異なってしまうことです。

これを防ぐためには、
自サバならばPHP.iniのmagic_quote_gpcをoffにしてください。
そうでないならば、
$_POST,$_GET配列をまず最初に処理する関数を作り、その中に

if(get_magic_quote_gpc()){
として、各要素をstrip処理すれば良いと思います。
ini_set()はなにやらオススメできないようです。