>>200
試しに該当箇所のソースをコメントし、ただ単純に
アップしてみたところ644になってました。

なぜ今回PHP上からパーミッションの変更がしたかったかと
いいますと、ユーザーが画像やテキストファイルなどをアップした場合
後に削除要望がある場合を想定して、ファイルの権限やパーミッションを
削除可能な権限にしておきたいと思ったからです。