CodeIgniter独自のセッションクラスは、クッキーにデータを保存するんですね。
クッキーが使えない携帯サイトの場合、PHPのsession関数を直接使うしかないでしょうか?><

http://userguide.cilab.info/libraries/sessions.html
セッションクラスは、各ユーザのセッションの情報をシリアライズして(オプションで暗号化して)クッキーに保管します。
デフォルトでは、クッキーだけが保存されます。
Note: セッションクラスは、PHPに組み込みのセッションを利用しません。