コードの保守性ならフレームワークのソースでも見ればいいんじゃないの？
MVCモデルにたいして理解を深める。
セキュリティに関してはどういうの学びたいかしらないけど、
Webプログラムに関してでもPHPで学ぶのはやめたほうがいいとおもう。