>>622
>修正箇所を探そうと正規表現で検索しても探しにくい。

grep '<¥?=' *.php
で見つかると思うけどなあ。
修正は
$filenames = $argv;
foreach ($filenames as $filename) {
　$s = file_get_contents($filename);
　$s = preg_replace('/<¥?=(.*?)¥?>/', '<?php echo $1; ?>', $s);
　file_put_contents($filename, $s);
}
でよくね？
もしくは
function f($matches) { return '<?php echo ' . trim($matches[1]) . '; ?>' }
$filenames = $argv;
foreach ($filenames as $filename) {
　$s = file_get_contents($filename);
　$s = preg_replace_callback('/<¥?=(.*?)¥?>/', 'f', $s);
　file_put_contents($filename, $s);
}