既存ソースの修正は困るよ。
修正箇所を探そうと正規表現で検索しても探しにくい。

ソースはこれだけ？
http://www.php.net/~derick/meeting-notes.html#remove-support-for-and-script-language-php-and-add-php-var
だとすれば <? はkeepされそうなんだが。<% はkillすると書いてるな。