モジュール版は拡張子がphpってファイルをあげてそこにアクセスすればそのまま動く。
cgiモードはcgi-binとか専用のディレクトリ作ってそこでCGIが動くように設定しなきゃいかん。
ファイルの拡張子もcgiにしなきゃいかんし色々と不便。