>>495さん
レスありがとうございます。
普通にVisualStudioは使っています。
追加したクラスファイルは、普通にApp_Codeに入っています。

プロジェクトの上で右クリック　→　新規項目の追加　→　VBクラス
とするとVisual Studioの方から誘導する様なメッセージが表示されて
App_Code直下に配置されたと記憶しています。

原因はどうもIISの設定っぽ気がするのですがいまいち分かりません。
明日もう一度試してみようと思います。