ASP.NETでサイトをプリコンパイルするときに仮想ディレクトリを指定しますが
これが実際のサイトと違う場合はどうなるのでしょうか
更新可能なサイトとしてコンパイルしても更新されなくなるだけ？

＠IT：ASP.NET 2.0が変えるWebアプリ開発の世界　第1回 周辺技術が支えるASP.NET 2.0の進化
http://www.atmarkit.co.jp/fdotnet/asp2review/asp2review01/asp2review01_03.html
に
>仮想ディレクトリ名を変更してしまうと、アプリケーション自体が正常に動作しなくなってしまう。
普通に動いてしまっているようなのですが、このあたりの詳細な記述があるサイトはないでしょうか？

インストーラの実行時に仮想ディレクトリの名前を確定したく簡単な方法を探しています。