>>482 nkfなら
[root@localhost hoge]# vi /usr/local/bin/conv_to_euc.sh
#!/bin/sh
while [ -n "$1" ]; do
if [ -e "$1" ]; then
TMPF=nkftmp$$
nkf -e -Lu $1 > $TMPF
mv $TMPF $1
echo $1
fi
shift
done

こいつを chmod 777 /usr/local/bin/conv_to_euc.sh としてとりあえず実行権限立てて

上記シェルスクリプトを find ./ -name "*.php" |xargs /usr/local/bin/conv_to_euc.sh のみたいにfindをかまして呼び出す。
（よけいなファイルまで変換しないように要注意、findとかのオプションは自分で調べれ）

linux環境ならこれでeuc LF に 一括変換できる（手抜きだからパーミッションは変わっちゃけど）
いきなり本番にはやらないように、バックアップをとってからやりましょう。

ちなみに当然ながらソース内で mb_convert_encording($hoge,"SJIS","auto") なんてやっているところは、それぞれ
mb_convert_encording($hoge,"EUC-JP"","auto") とかに書き替える必要はある。

この類は、windows用とかで一括置換ソフトがあるので、それらを使えばよい。

けど質問者はたぶん全部windows上なんだろうなあ。