>>858
> $roop_lines = file(ENTRY_NUM_FILE);//現在、「1」が代入されます(最新の親記事番号)
> $num_of_time = (end($roop_lines));//最後の要素（最大数）を取り出します
ｆｉｌｅ()で取得される配列は各行に改行コードがついたままになっている。
それを
> for($i = $num_of_time;$i >= 1;$i--){//最大の要素分ループします。(たぶんこの辺りがおかしい)
> $file = ($i.'.dat');
とやってしまっては、$i(改行).dat という意味不明のファイル名になってしまう。
136行目でMaximum execution time of 60 seconds exceededとfailed to open streamが出てるってことは
> $entry = file($file);
これが136行目なんだろうと思うが、不正なファイル名を渡されて読み込みを行っているために
file()関数が止まってしまってる状態。これは永久ループじゃなく１件目でいきなりこけてると思われ。