問題になるのって、
<?php
処理
:
?>
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"

って書いたときとかだよね。
XMLのところだけ、
<?php echo '<?xml version="1.0"?>' ?>
って書けばいいだけなんじゃないの。

てか、<? をHTMLに書きたい場合、どうやってエスケープするんだっけ