別に偉そうにはしませんが、知っている方は教えてください。
現在ファイルサーバは社内にありますが、単なる荷物置き場と化しています。
この中で、作業手順とかいったみんなが閲覧する必要な部分のファイルだけ
きちんとディレクトリーのツリー構造で管理して、閲覧させたいのですが、
何か良い方法あれば教えてください。

たぶん、ブラウザーからフォルダーを開いていって、ツリー構造を表示し、
（そういった機能があればですが、ファイルに説明文とか、検索機能とかあれば便利）
グループウェアのファイル管理機能部分を想像してください。
そこだけのPerl-CGIとかありませんか？