$site = '(?:www.yourfilehost.com)';
$ext = '(?:zip)'

while($data~ m/((mms|h?ttp):\/\/(?:[\w\/\.\?\=\-\&\:]*($site)?(\/)?([\w\/\.\?\-\=\&\:]*|[\w\/\.\?\=\-\&\:]*\.$ext[\w\/\.\?\=\-\:]*)))/g) {
$output = $1;
}

だと　$dataに入っている　ttpから始まるどのようなアドレスでも抽出して$1に入れてしまいます。

そうではなく

mms://アドレス；ポート番号　←や
http://アドレス；ポート番号　←や
ttp://アドレス；ポート番号　←や
$siteに含まれてるサイト先　や
$extに含まれてる拡張子が　あるときだけ　$outputには入れられないですか？