簡単に言えば読み込んでいる　INPUTに関しては
すべて処理を施さないといけないってことですか？

他にもFORMからのINPUTで入れてるのがあるんですが

キーワード検索のみ

$in{'keyword'} =~ s/,/、/g;
$in{'keyword'} =~ s/</</g;
$in{'keyword'} =~ s/>/>/g;
$in{'keyword'} =~ s/\r\n/<br>/g; # Windows系(\r\n)
$in{'keyword'} =~ s/\r/<br>/g; # Mac系(\r)
$in{'keyword'} =~ s/\n/<br>/g;
$in{'keyword'} =~ s/\n/<br>/g;
$in{'keyword'} =~ s/&/&/g;
$in{'keyword'} =~ s/\|//g;

ってしてます