PDTでブレークポイントで止まってくれないんだけど
http://hp.vector.co.jp/authors/VA000137/phpide/qanda.html
を見る限り、DocumentRootと違うのが原因ぽい雰囲気。

Aliasで指定してるフォルダ以下のところでも
ブレークポイント使えるか知ってる人いたらおしえてやってください