申し訳ない。たしかに池沼だった。

とりあえずzendからpdt-1.0.0.S20070611-M1_debugger-5.2.6.v20070507-all-in-one-linux-gt
を落としてきて出来なかったんだけど、eclipseのミラーから落としてきたpdt-all-in-one-S20070401_RC3-linux-gtk
のほうでは何も設定しないでも問題なくコード補完が動いたので、とりあえず解決って感じです。

ちなみに、OSはubuntu 7.04でphp5.2.1でした。