<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=shift_jis">
<title>test</title>
</head>
<body>
<?php echo "hello"; ?>
</body>
</html>

を実行すると

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=shift_jis">
<title>test</title>
</head>
<body>
hello</body>
</html>

になって微妙に気持ち悪いんだが、これは仕様?