1.設定用PHPファイルはドキュメントルートなどを基準にした場所に置く
2.大元の設定用PHPファイルから各ディレクトリにシンボリックリンクを作る
3.大元の設定用PHPファイルを相対パスでincludeする同名のPHPファイルを各ディレクトリに置く
のどれか辺りでどうよ？