とりあえず
「おぢさん」と「mysql41」はシカト

/home/☆ドメイン☆/www　直下にpublic内のデータをFFFTPでphpとフォルダのパーミッションを755に設定しうｐ
その他を/home/☆ドメイン☆　にうｐ

独自ドメインの設定はもちろん /home/☆ドメイン☆/www に設定

phpMyAdminから「mysql40」を走らせる



あとはconfigとcronの設定と携帯メール設定くらいだろ
まぁエスパーすると恐らく独自ドメインの設定が間違っている