該当コードより前の処理でmy $cgi = new CGI;をしている所はありませんか。
use CGI;
use Data::Dumper;
my $cgi = new CGI;
my $fh = $cgi->upload('file');
print Dumper $fh, $cgi->tmpFileName($fh), $cgi->uploadInfo($fh);
これを最小構成のコードで実行するとどのような出力が得られますか。