情報が不足していてすみません。Apacheのバーションはhttpd-2.2.2-1.0です。
検証は出来るだけ最小設定で行いました。
<VirtualHost *>
略(ServerName、DocumentRootのみ設定)
PerlModule Apache2::Reload
</VirtualHost>

以下のオプションを色々変えたりコメントアウトしながら検証しました。
# PerlInitHandler Apache2::Reload
# PerlSetVar ReloadDirectories "/home ./"
# PerlSetVar ReloadDebug On
# PerlSetVar ReloadAll Off
# PerlSetVar ReloadModules "module*"
Ver1.99の時は
PerlModule Apache::Reload
のみで期待通りの動作をしていました。