SQLiteってトランザクションとかできたっけ？
よく知らないけど、50万ともなると後々厳しいのと違う？
だいたい、50万のデータ入れる予定のサイトで
予算が5000円ってのはありえないと思うな。
チロルチョコ1個ずつ売るつもりなのかい？
あと、5000円のレン鯖に個人情報置くの、俺ならちょっとためらう。