「ファイルを直接書き換えたい」ってのが既におかしいという話。

>>719
解決法そのいち：（メモリ喰うけど簡単だよ！）
配列に一回読み込んでから好きに書き換え、同じファイルに書き出す

解決法そのに：（メモリ喰わないけどちょっと面倒だよ！）
INとOUT、二つのファイルハンドルを作り、INで一行読んで好きに書き換え、OUTに書き出す
全部終わったら元ファイルを削除し、新ファイルを元ファイルと同じ名前にリネーム