STDIN は前方向にしか進めないですよ

(１) 一旦ファイルに書き出したのを利用する
(２)そんなにでかくないのなら read で読み込んだものを利用する

の２通りがあります。
大きいファイル、環境にも夜でしょうが 5MB あたりを境に (１) か (２) かを使い分ければ良いかと思います。