1.4.0だとObjectへの汚染は消えているが、
実用上問題なのは、配列に対してfor..in構文を使う場合だな。

var array=[];array[123]=0;
for(var i in array)
{alert(i);}

prototype.jsの汚染は全然昔話なんかじゃない。あえて言えば昔から全然進歩していない。