テンプレのｉｎｄｅｘ．ｐｈｐについて基本的な部分だけ説明してみます。

<?php
if ( mosCountModules( 'top' ) ) {
mosLoadModules ( 'top', -2 );
?>
のような構文が多いでしょう。
言葉で解説すると。

・もし’ｔｏｐ’という「モジュール」が表示せよと命令されていたら。
・’ｔｏｐ’モジュールを、”-2”の表示方法でここに表示しなさい。

基本的にはこれの連続です、ｉｆ行が無いときは必ず表示するということです、
else があるものは、表示せよと命令が無い場合は代替に以下を表示しなさいということになります。

意外と知られていないのは”-2”のオプションです、
この数値を”-1”や”-3”に変更すると表示方法が変わります。

詳しいことはじゃぱんでどうぞ。