おかしいな
当方が行ったのは
$set{'up_ext'} に wmv を追加して $set{'up_all'} を 1 にして、ファイル名を index.cgi にしたので
$set{'base_cgi'} を index.cgi にして、アップ先の src ディレクトリを作っただけで動作した

もし既に運用中でなければ、ソースを落としなおして修正を掛けてみるといいかも