ApacheへhttpでアクセスしてCGIでもサーブレットでもなんでもいいんで、
そのApacheが動いているLinuxのユーザーのパスワードかえる手段ってありますかね？

CGIでもサーブレットでもシェルコマンドを実行することはできますが、
Apache自体のプロセスがrootではなくApacheユーザーで実行されているので、
Linux上のユーザーのパスワードを変更するのはroot権限を持たないといけないので
やっぱり無理？