>>129
phpDocumentorじゃ力不足かな？
requireだと引数に変数渡せたり、include_pathがまちまちだったり、PHP5だと__autoloadとかあるからちと厳しそうだね。
引数が変数でないもの限定とかならCLIでささっと書けるんじゃないかな。
あとgrepでも（ツリー上にはできないけど）ある程度抽出できると思う。