/home/user/public_html以下のファイルを公開しているのですが

http://user.domain.com/a.php 　NG
http://192.168.0.10/~user/a.php ローカルIPでのアクセスok
http://sv1/~user/a.php ローカルのホスト名でのアクセスok

バーチャルドメインでのアクセスだけ不具合が出てます。
バーチャルドメインだとcookie発行するのに特別な設定が必要なのでしょうか？