>>28
inodeの実装によるような。

ディレクトリを線的探索する場合はファイル数に比例して
パフォーマンスは落ちるだろうけど、数千程度で実感する
パフォーマンスの低下は起きないんでないかな？

10年程前のLinuxのカーネルは確か1つのディレクトリに確保できる
ファイル数が限られるという制約があったと思うけど今はそんなこと
ないはずだし。

> SQLiteでやればいいんじゃないかなぁと思ってるんだけど。 

それは本末転倒ではないか？素直にディレクトリ走査した方が早い気がする。