すいません、正しくはモジュールかもしれません。
いわゆる.plファイルです。
aというモジュールがあります。
b(.pl)というモジュールからaをuseしてます。
.cgi からbモジュールをrequireすると、aモジュールの作業を完了しないまま、
bモジュールの次のコードに移ってしまいます。
.cgiにから直接aモジュールをuseしたら、問題は
発生しませんでした。